상가 보증금 간주임대료 누락, 부가세 예정신고 가산세는 이렇게 계산됩니다

상가 보증금을 받고 임대업을 하는 사업자라면 10월 26일 부가가치세 2기 예정신고 기한에서 놓치기 쉬운 항목이 하나 있습니다. 월세는 세금계산서를 발급하며 매번 챙기지만, 보증금에서 발생하는 간주임대료는 실제 현금이 오가지 않아 신고서에서 빠지는 일이 잦습니다.

간주임대료를 예정신고에서 누락하면 과소신고가산세와 납부지연가산세가 함께 부과됩니다. 스스로 발견해 법정신고기한 후 1개월 초과 3개월 이내에 수정신고하면 과소신고가산세의 75%를 감면받지만, 세무조사 등으로 뒤늦게 적발되면 감면 없이 전액이 부과되고 부정행위로 판단될 경우 가산세율이 10%에서 40%로 뛰어오릅니다. 같은 실수라도 처리 시점에 따라 부담이 4배 넘게 벌어지는 셈입니다.

상가 보증금에 왜 부가세가 붙는가 — 간주임대료의 구조

간주임대료는 임대인이 받은 보증금을 은행에 예치했을 때 벌어들일 수 있는 이자 상당액을 임대용역의 대가로 보고 과세하는 제도입니다(부가가치세법 시행령 제65조). 보증금 자체는 나중에 돌려줘야 할 돈이라 매출이 아니지만, 그 돈을 운용해 얻을 수 있는 이익만큼은 임대료와 똑같이 부가가치세를 물린다는 논리입니다.

계산식은 "보증금 등 × 정기예금이자율 × 과세대상기간의 일수 ÷ 365(윤년은 366)"입니다. 정기예금이자율은 매년 기획재정부령으로 고시되며, 2025년 3월 개정 이후 1,000분의 31(3.1%)이 적용되고 있고 2026년 귀속분에도 그대로 이어집니다(부가가치세법 시행규칙 제47조). 시중 예금금리가 내려가는 흐름에 맞춰 최근 3.5%에서 3.1%로 한 차례 인하됐습니다.

숫자로 확인하면 다음과 같습니다.

간주임대료에는 세금계산서를 발급할 수 없습니다. 실제 금전 거래가 없는 의제 공급이라 세금계산서 발급 대상에서 제외되며, 임대차계약에서 부가세를 임차인이 부담하기로 정했더라도 임차인은 매입세액을 공제받지 못합니다. 결국 이 부가세는 사실상 임대인이 스스로 떠안는 돈이라, 담당자가 챙기지 않으면 그대로 신고 누락으로 이어집니다.

예정신고에서 빠뜨리면 어떤 가산세가 얼마나 붙는가

예정신고서는 제출했지만 간주임대료만 과세표준에서 빠졌다면 국세기본법상 과소신고에 해당합니다. 반대로 예정신고 대상자인데 신고서 자체를 내지 않았다면 간주임대료뿐 아니라 임대료 매출 전체가 무신고로 처리되어 부담이 훨씬 커집니다.

실제 상담에서 자주 보는 사례는 임대보증금 3억~10억원대의 상가 임대사업자가 세금계산서 발급 항목만 부가세 신고 프로그램에 자동 반영하고, 부동산임대공급가액명세서(별지 제25호서식)에 들어가는 간주임대료는 매년 담당자가 수기로 계산해 넣어야 한다는 사실을 놓치는 경우입니다. 특히 임대차 계약이 갱신되며 보증금이 오른 해에 이 항목만 갱신하지 않고 전년도 숫자를 그대로 둔 채 신고서를 제출하는 실수가 잦습니다.

언제 바로잡느냐가 부담을 가릅니다 — 판단 기준

스스로 먼저 발견해 수정신고하느냐, 세무서가 먼저 발견하느냐에 따라 실제 부담 금액이 몇 배 차이 납니다.

1. 법정신고기한(2026년 10월 26일)이 지난 뒤 1개월 이내에 스스로 수정신고하면 국세기본법 제48조에 따라 과소신고가산세의 90%가 감면됩니다.
2. 1개월 초과 3개월 이내에 수정신고하면 감면율이 75%로 낮아지지만 여전히 상당한 혜택입니다. 국세청은 예정신고 누락분을 같은 과세기간 확정신고에 반영해 신고하는 경우에도 이 75% 감면 규정을 적용한다고 밝히고 있습니다.
3. 3개월이 지나거나 세무조사·경정 통지 이후에 발견되면 감면이 적용되지 않고 과소신고가산세 10%(부정으로 판단되면 40%)가 그대로 부과되며, 납부지연가산세도 미납 기간에 비례해 계속 쌓입니다.

앞서 계산한 보증금 5억원 사례(부가세 390,684원)에 적용하면 다음과 같습니다.

예정신고 자체가 없는 임대사업자도 있습니다 — 대상자 구분의 함정

상가 보증금을 받는 임대사업자라고 해서 전부 예정신고 의무가 있는 건 아닙니다. 법인사업자 중 직전 과세기간 공급가액이 1억5천만원 이상이면 7~9월분을 스스로 계산해 10월 26일까지 예정신고해야 하지만, 그 미만 법인과 개인 일반과세자 대부분은 관할 세무서가 직전 과세기간 납부세액의 절반을 예정고지서로 보내는 방식이라 별도로 신고서를 작성하지 않습니다.

예정고지 대상인데도 이번 분기에 간주임대료가 새로 발생했거나 크게 늘었다면, 예정고지 세액과 실제 부담 세액 사이에 차이가 벌어집니다. 이런 경우 예정고지를 그대로 받지 않고 스스로 예정신고를 선택해 정확한 세액을 낼 수 있는데, 이 선택을 하지 않아도 간주임대료 반영이 다음 해 1월 확정신고로 미뤄질 뿐 가산세 문제가 생기는 건 아닙니다. 문제는 반대로, 자신이 예정신고 의무 법인인 줄 모르고 신고 자체를 놓치는 경우입니다. 예정신고 대상 법인이 신고서를 내지 않으면 간주임대료뿐 아니라 임대료 매출 전체가 무신고로 처리되어 부담이 20%(부정 40%)로 뛰어오릅니다.

간주임대료는 세금계산서 없이도 부가세가 발생하는 항목이라 신고 프로그램이 자동으로 챙겨주지 않습니다.

보증금 액수와 임대 기간만 알면 계산 자체는 어렵지 않지만, 놓쳤을 때 언제 바로잡느냐에 따라 가산세 부담이 몇 배씩 벌어진다는 점이 이 항목의 핵심입니다. 상가 임대사업자라면 10월 26일 예정신고서를 제출하기 전에 부동산임대공급가액명세서의 간주임대료 항목부터 다시 확인해 볼 일입니다.