2026년 3월 12일, 대법원은 장애인고용부담금을 법인세 계산 시 비용(손금)으로 인정할 수 있다는 하급심 판결을 그대로 확정했습니다. 2019 사업연도부터 이 부담금을 손금불산입으로 처리해 법인세를 더 냈던 회사라면 자연스럽게 "지금 경정청구를 하면 돌려받을 수 있을까"라는 질문을 떠올리게 됩니다.
결론부터 말하면, 사업연도에 따라 답이 다릅니다. 2021 사업연도 이후분은 통상적인 경정청구 절차로 아직 돌려받을 수 있지만, 2019·2020 사업연도분은 원칙적으로 통상 경정청구 기한이 이미 지났고, 후발적 경정청구로 구제받으려면 별도의 요건을 충족해야 합니다.
이 글에서는 왜 손금불산입으로 처리해왔는지, 경정청구 기한이 사업연도별로 어떻게 다른지, 그리고 실제로 환급을 받을 수 있는지 판단하는 기준을 순서대로 정리합니다.
대법원 확정판결(2024두30809, 2026년 3월 12일 선고)로 장애인고용부담금은 손금산입 대상이 됐습니다. 다만 경정청구는 국세기본법상 통상 경정청구 기한(신고기한부터 5년)과 후발적 경정청구 요건(당해 회사가 소송·불복 당사자였던 경우 등)에 따라 사업연도별로 가능 여부가 갈립니다.
왜 2019년부터 손금불산입으로 바뀌었나
1991년 장애인고용부담금 제도가 시작된 이후 이 부담금은 줄곧 법인세법상 손금(비용)으로 인정돼 왔습니다. 흐름이 바뀐 건 2018년입니다. 기획재정부가 예규를 통해 "장애인고용법상 고용의무 불이행에 대해 제재로서 부과되는 공과금"이라는 해석을 내놓으면서, 부담금은 손금불산입 대상으로 취급되기 시작했습니다. 이 해석이 적용되면서 2019 사업연도 신고분부터 기업들은 부담금을 손금불산입으로 처리해 법인세를 계산해왔습니다.
근거로 든 조항은 법인세법 제21조(세금과 공과금의 손금불산입)입니다. 법령에 따른 의무 불이행이나 금지·제한 위반에 대한 제재로 부과되는 공과금은 손금으로 인정하지 않는다는 내용인데, 쟁점은 장애인고용부담금이 정말 이런 '제재'에 해당하느냐였습니다.
서울행정법원과 서울고등법원(2023누45325)은 모두 회사 손을 들어줬습니다. 장애인고용법에는 고용의무 불이행 자체에 대한 형사처벌 규정이 없고, 이 부담금은 정책 목표(장애인 고용촉진)를 유도하기 위한 '조정적 부담금' 성격이 강해 '제재로서 부과된 공과금' 요건을 충족하지 않는다는 논리였습니다. 대법원은 2026년 3월 12일 이 판단을 그대로 확정(2024두30809)하면서, 4년 넘게 이어진 법정 다툼에 마침표를 찍었습니다.
경정청구, 아무 때나 할 수 있는 게 아니다
경정청구에는 두 가지 갈래가 있습니다. 하나는 통상 경정청구(국세기본법 제45조의2 제1항)로, 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 신청할 수 있습니다. 다른 하나는 후발적 경정청구(같은 조 제2항, 시행령 제25조의2)로, 과세표준 계산의 근거가 된 거래나 행위가 판결에 의해 다른 것으로 확정된 경우 그 사유를 안 날부터 3개월 이내에 신청할 수 있습니다(2025년 시행 개정 국세기본법 기준).
문제는 대부분의 회사가 해당하는 건 통상 경정청구이고, 통상 경정청구는 사업연도별로 신고기한이 다르기 때문에 기한도 사업연도마다 다르게 계산된다는 점입니다. 12월 결산법인을 기준으로 정리하면 아래와 같습니다.
| 사업연도 | 법인세 신고기한 | 통상 경정청구 기한(+5년) | 2026년 9월 현재 |
|---|---|---|---|
| 2019 | 2020.3.31 | 2025.3.31 | 도과 |
| 2020 | 2021.3.31 | 2026.3.31 | 도과 |
| 2021 | 2022.3.31 | 2027.3.31 | 가능 |
| 2022 | 2023.3.31 | 2028.3.31 | 가능 |
| 2023 | 2024.3.31 | 2029.3.31 | 가능 |
12월 결산법인이 아니거나 신고기한을 연장해온 회사라면 위 날짜가 달라집니다. 실제 신고기한은 회사의 사업연도 종료일과 세무조정계산서 제출일 기준으로 다시 계산해야 합니다.
우리 회사는 돌려받을 수 있을까, 판단 기준
실제로 돌려받을 수 있는지는 세 갈래로 나눠 판단해야 합니다.
첫째, 2021 사업연도 이후분이고 아직 별다른 조치를 하지 않은 회사라면 통상 경정청구로 바로 진행할 수 있습니다. 기한이 남아 있으니 서두를 이유는 없지만, 미루다가 5년이 지나면 이 경로 자체가 막힙니다.
둘째, 2019~2020 사업연도분이지만 이미 경정청구를 냈다가 세무서에서 거부당해 조세심판원에 심판청구를 제기해 놓은 회사라면 사정이 다릅니다. 대법원 판결 이후 국세청이 관련 사건에서 직권으로 경정·환급 처리하는 사례가 늘고 있고, 이 경로는 "회사가 이미 다투고 있었다"는 사실관계가 핵심입니다.
셋째, 2019~2020 사업연도분인데 아무 불복 없이 신고만 하고 끝낸 회사라면 원칙적으로 통상 경정청구 기한이 지났고, 자신이 소송 당사자였던 것도 아니므로 후발적 경정청구 요건도 충족하기 어렵습니다. 사실상 환급이 막혀 있는 상태에 가깝습니다.
구체적인 금액으로 보면 체감이 쉽습니다. 상시근로자 250인 규모 제조업 법인이 2021 사업연도에 장애인 의무고용률 미달로 부담금 8,000만 원을 납부하고 이를 손금불산입으로 처리해 신고했다고 가정합니다. 당시(2021 사업연도) 법인세율은 과세표준 2억~200억 원 구간 기준 20%였으므로, 이 부담금을 손금산입으로 경정하면 산출세액은 8,000만 원 × 20% = 1,600만 원 줄어듭니다. 법인지방소득세(법인세할, 통상 산출세액의 10% 수준) 감소분까지 더하면 총 환급 가능액은 대략 1,760만 원 안팎이지만, 법인지방소득세는 국세청이 아니라 관할 지방자치단체에 별도로 경정청구해야 반영됩니다.
환급받기 전에 반드시 확인해야 할 함정들
가장 흔한 오해는 "대법원 판결이 났으니 후발적 경정청구로 다 받을 수 있다"는 생각입니다. 국세기본법 시행령 제25조의2가 정한 '판결에 의한 후발적 경정청구' 사유는 원칙적으로 당해 납세의무자 자신이 소송 당사자였던 거래에 한정된다는 것이 확립된 대법원 해석입니다. 2024두30809 판결의 당사자가 아닌 제3의 회사가 "대법원이 손금산입을 인정했다"는 이유만으로 후발적 경정청구를 주장하면, 통상 경정청구 기한이 이미 지난 사업연도분은 받아들여지지 않을 가능성이 큽니다. 실제로 조세심판원 결정례들도 국세청의 직권 환급 이후 각하로 정리되는 경우가 대부분이며, 그 전제는 회사가 애초에 다투고 있었다는 사실관계입니다.
두 번째 함정은 국세와 지방세를 같은 절차로 착각하는 것입니다. 관할 세무서에 법인세 경정청구만 하고 끝내면, 법인지방소득세(지방세)는 자동으로 환급되지 않습니다. 관할 지방자치단체에 별도로 경정청구해야 합니다.
경정청구서에는 실제 부담금을 납부했다는 사실을 증빙할 자료(한국장애인고용공단이 발급하는 납부 확인 자료 등)를 함께 갖춰야 합니다. "대법원 판결이 났다"는 사실만으로 세무서가 자동으로 세액을 경정해주지는 않으며, 회사가 직접 경정청구서를 제출해야 절차가 시작됩니다.
판결이 확정됐다고 세금이 저절로 돌아오지는 않습니다. 사업연도별 기한을 먼저 확인하는 것이 순서입니다.
2019~2020 사업연도분은 원칙적으로 통상 경정청구 기한이 지났지만, 이미 불복을 진행해온 회사라면 여전히 구제받을 여지가 있습니다. 반대로 2021 사업연도 이후분은 아직 기한이 남아 있는 만큼, 신고 당시 손금불산입으로 처리한 장애인고용부담금이 있는지부터 확인할 필요가 있습니다.