통합고용세액공제를 받고 나서 상시근로자 수가 줄어든 사업장 대표님들 사이에서 요즘 자주 나오는 질문이 있습니다. "2026년부터는 사후관리가 완화됐다던데, 우리도 이제 추징 걱정은 안 해도 되는 거 아니냐"는 것입니다. 결론부터 말씀드리면 대부분의 경우 답은 '아니오'입니다. 2026년 개편은 실제로 있었지만, 완화된 규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 새로 신청하는 사업장에만 적용됩니다. 2024년이나 2025년 사업연도분으로 이미 공제를 받아 사후관리 기간이 진행 중인 사업장은 종전 규정을 그대로 적용받습니다. 이 글에서는 무엇이 바뀌었는지, 그리고 우리 회사가 신법 대상인지 구법 대상인지를 어떻게 가리는지를 정리합니다.
2026년 세법개정으로 상시근로자 수 감소 시 사후관리가 완화된 것은 맞지만, 이는 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 신청하는 분부터 적용됩니다. 이미 공제를 받아 사후관리가 진행 중인 사업장은 종전 규정(감소분 추가납부)이 그대로 적용된다는 점이 핵심입니다.
통합고용세액공제, 애초에 왜 '사후관리'가 붙어 있나
통합고용세액공제(조세특례제한법 제29조의8)는 전년 대비 상시근로자 수가 늘어난 기업에 1인당 정해진 금액을 세액공제해 주는 제도입니다. 다만 공제를 받은 뒤 곧바로 인원을 줄이면 제도의 취지, 즉 실제 고용 증가라는 목적이 무색해지기 때문에 공제를 받는 기간 동안 상시근로자 수를 유지해야 한다는 조건이 함께 붙습니다. 이 유지의무 기간은 중소·중견기업이 3년, 대기업이 2년입니다. 이 기간 안에 상시근로자 수가 줄면 감소한 인원에 해당하는 공제 상당액을 그 감소가 발생한 과세연도의 소득세 또는 법인세로 다시 납부해야 합니다. 이것이 흔히 말하는 '사후관리에 따른 추징'입니다.
문제는 2026년 세법개정으로 이 사후관리 방식 자체가 손질됐다는 점입니다. 종전에는 상시근로자 수가 감소하면 감소 인원에 대해 이미 받은 공제 상당액을 그대로 추가납부해야 했습니다. 개정 후에는 감소한 인원에 대한 공제만 배제하고, 여전히 유지되고 있는 인원분 공제는 그대로 인정하는 방향으로 완화됐습니다. 여기까지만 들으면 "올해부터는 인원이 줄어도 걱정 없겠다"고 생각하기 쉽습니다. 그런데 정작 중요한 것은 이 완화된 규정이 언제 개시하는 과세연도부터 적용되느냐입니다.
'2026년부터'라는 말이 가리키는 시점은 따로 있다
개정 규정은 2026년 1월 1일 이후 개시하는 과세연도를 최초 공제연도로 하여 통합고용세액공제를 신청하는 분부터 적용됩니다. 여기서 '최초 공제연도'는 상시근로자 수 증가로 처음 공제를 신청한 그 사업연도를 말합니다. 개인사업자가 2025년 귀속 종합소득세 신고에서, 또는 법인이 2025 사업연도 법인세 신고에서 이미 통합고용세액공제를 신청해 사후관리 기간이 진행 중이라면, 그 건은 2026년 이후에 상시근로자 수가 줄더라도 개정 전 규정을 그대로 적용받습니다. 국회를 통과한 개정 법률은 이미 공제를 받아 사후관리가 걸려 있는 건에 신법을 소급 적용하지 않기 때문입니다.
| 구분 | 최초 공제연도가 2025년 이전 개시 | 최초 공제연도가 2026.1.1 이후 개시 |
|---|---|---|
| 적용 규정 | 종전 규정 | 개정 규정 |
| 상시근로자 감소 시 처리 | 감소 인원분 공제 상당액을 추가납부 | 감소 인원분 공제만 배제, 유지 인원분은 인정 |
| 지금 사후관리 진행 중인 사업장 | 해당 (그대로 적용) | 해당 없음(신규 신청분부터) |
이미 사후관리가 진행 중인데 "개편됐다니 안전하다"고 판단해 대응을 미루면, 감소분 추가납부세액에 더해 가산세까지 부담할 수 있습니다.
그래도 할 수 있는 일은 있다 — 판단 순서와 계산
지금 우리 회사 건이 신법인지 구법인지부터 확인하는 순서가 먼저입니다. 판단 기준은 간단합니다. 통합고용세액공제를 처음 신청한 사업연도가 2025년 12월 31일 이전에 끝났다면 구법 대상이고, 2026년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도 분으로 새로 신청한다면 신법 대상입니다.
구법 대상이면서 실제로 상시근로자 수가 줄었다면 얼마를 더 내야 하는지 감을 잡아두는 게 좋습니다. 실제 상담에서 자주 보는 사례로 계산해 보겠습니다. 비수도권 소재 중소기업이 2025 사업연도에 상시근로자를 3명 늘려 일반 상시근로자 기준 1인당 950만 원씩, 총 2,850만 원을 공제받았다고 가정합니다. 이 회사가 공제 기간 중인 2026 사업연도에 상시근로자 수가 2명 줄었다면, 감소 인원 2명 × 950만 원으로 계산한 1,900만 원을 2026 사업연도 법인세 신고 때 추가로 납부해야 합니다.
| 구분 | 내용 |
|---|---|
| 최초 공제연도 | 2025 사업연도(구법 적용) |
| 최초 공제 내역 | 상시근로자 3명 증가 × 950만 원 = 2,850만 원 |
| 2026 사업연도 감소 인원 | 2명 |
| 추가납부세액 | 2명 × 950만 원 = 1,900만 원 |
여기에 이월된 미공제액이 남아 있는지, 신고 시점을 놓쳐 가산세가 붙는지는 회사마다 다르므로 정확한 금액은 세무대리인을 통해 다시 계산받아야 합니다. 공제단가는 지역(수도권 여부)과 근로자 유형(청년 등 우대 대상 여부)에 따라 달라지므로, 실제 계산 전에 2026년 기준 공제단가를 먼저 확인하는 것이 순서입니다.
실무에서 자주 걸리는 함정 — 상시근로자 수, 제대로 세고 계신가요
상시근로자 수를 계산할 때 실무에서 자주 놓치는 부분이 있습니다. 최대주주 본인과 그 배우자·직계존비속 등 특수관계자는 실제로 근무하더라도 상시근로자 수에서 제외됩니다. 가족 회사에서 대표의 배우자를 직원으로 등록해 두고 상시근로자 수 계산에 그대로 포함시키는 경우를 실제 상담에서 종종 보는데, 이는 나중에 세무조사에서 그대로 지적되는 항목입니다. 월 평균 근로시간이 60시간 미만인 단시간근로자, 그리고 임원도 상시근로자에 포함되지 않습니다. 여기에 2026년 개정으로 상시근로자 판단기준이 근로계약 기간에서 실제 근로기간(1년 이상)으로 바뀌는 부분도 있어, 계약서상으로는 1년 이상이지만 실제로는 중도 퇴사한 근로자를 그대로 상시근로자로 셌던 관행은 다시 점검할 필요가 있습니다.
"2026년에 바뀌었다"는 소식과 "우리 회사에 적용된다"는 사실은 별개입니다.
통합고용세액공제 사후관리는 최초 공제연도를 기준으로 신법과 구법이 갈리는 몇 안 되는 조항입니다. 이미 공제를 받은 상태에서 인원이 줄었다면, 개편 소식보다 먼저 확인해야 할 것은 우리 회사의 최초 공제연도입니다. 안택스는 이런 경과규정 판단을 포함해 사후관리 리스크를 사전에 짚어드리고 있습니다.