토지거래허가 신청 후 양도세 중과 유예, 11월 9일 잔금·등기 놓치면 세금이 얼마나 늘어날까

5월 9일까지 토지거래허가를 신청해 양도세 중과 유예를 인정받은 다주택자라면, 지금 가장 궁금한 건 하나다. 11월 9일까지 잔금과 등기를 마치지 못하면 세금이 정확히 얼마나 늘어나는가. 서울 강남3구·용산구는 이미 9월 9일 시한이 지났고, 서울 나머지 21개 자치구와 경기 12개 지역은 11월 9일까지 이제 7주 남짓 남았다. 결론부터 말하면 시한을 넘기는 순간 양도소득세는 2주택자 기준 90% 안팎, 3주택 이상은 130% 가까이 불어난다. 절세 유예를 다 받았다고 안심하다가 뒤늦게 세액을 확인하고 당황하는 사례가 실제로 적지 않다.

5월 9일 신청, 정확히 무엇을 유예받은 것인가

조정대상지역 안에서 2주택 이상을 보유한 사람이 주택을 팔면 원래 기본세율에 20%포인트(2주택)나 30%포인트(3주택 이상)가 더 붙고, 장기보유특별공제도 전혀 받지 못한다. 이 중과 제도는 2022년 5월 10일부터 한시적으로 배제(유예)돼 왔다. 소득세법 시행령 제167조의3에 근거를 둔 조치로, 정부가 부동산 시장 상황을 보며 매년 시한을 연장해왔고 마지막 연장선이 2026년 5월 9일이었다.

문제는 정부가 2025년 10월 15일 대책과 뒤이은 조치로 조정대상지역을 서울 전역과 경기 12곳까지 넓히면서 생겼다. 새로 규제지역에 묶인 아파트를 팔려던 다주택자들은 매매계약을 5월 9일까지 체결해야 유예를 받는데, 해당 지역이 토지거래허가구역으로도 함께 지정되면서 계약 자체가 허가를 받아야 유효해지는 구조가 됐다. 허가 심사에는 통상 수 주가 걸리기 때문에, 매매계약 체결만을 기준으로 삼으면 심사 중인 다주택자들이 무더기로 유예 대상에서 빠지는 결과가 생긴다.

기획재정부는 이 문제를 풀기 위해 매매계약 체결일 대신 토지거래허가 신청일을 기준으로 인정하는 보완조치를 마련했다. 구청 접수증에 찍힌 날짜가 5월 9일 이전이면 계약을 그 시점에 체결한 것으로 간주해준다는 뜻이다. 다만 이 조치는 신청 시점만 인정해줄 뿐, 거래 자체가 완결됐다는 의미는 아니다. 실제 잔금을 치르고 등기를 마치는 절차까지 지정된 시한 안에 끝내야 유예가 최종적으로 확정된다.

지역마다 다른 마감일 — 9월 9일과 11월 9일이 갈리는 이유

거래완료 시한이 갈리는 기준은 조정대상지역으로 묶인 시점이다. 강남3구(강남·서초·송파)와 용산구는 10·15 대책 이전부터 토지거래허가구역이자 조정대상지역으로 지정돼 있던 곳이라 절차가 이미 익숙하게 자리 잡혀 있었고, 그래서 9월 9일까지로 시한이 상대적으로 짧게 잡혔다. 반면 서울 나머지 21개 자치구와 경기 12개 지역(과천시·광명시·성남시 분당·수정·중원구·수원시 영통·장안·팔달구·안양시 동안구·용인시 수지구·의왕시·하남시)은 2025년 10·15 대책으로 처음 규제지역에 편입돼 허가청도, 매수·매도자도 절차에 익숙하지 않은 지역이다. 행정 처리 지연을 감안해 거래완료 시한을 두 달 더 늦춘 11월 9일로 잡았다.

11월 9일을 넘기면 양도세가 얼마나 늘어나는가

숫자로 보면 체감이 다르다. 서울 은평구에 아파트 두 채를 보유한 2주택자가 그중 한 채를 양도가액 11억 원, 취득가액 6억 원(양도차익 5억 원), 보유기간 8년 조건으로 판다고 가정해보자.

시한 안에 거래를 완료하면 8년 보유에 따른 장기보유특별공제 16%를 적용받아 양도차익 5억 원에서 8,000만 원이 줄어 과세표준이 4억 1,750만 원(기본공제 250만 원 차감)이 되고, 기본세율 구간(3억~5억 원 이하, 40%)에 누진공제 2,594만 원을 적용해 산출세액은 1억 4,106만 원, 지방소득세를 더한 총 납부세액은 1억 5,517만 원 선이다.

같은 조건에서 11월 9일을 넘기면 상황이 달라진다. 장기보유특별공제가 전액 배제되면서 과세표준이 4억 9,750만 원으로 늘고, 여기에 2주택자 중과세율(기본세율+20%포인트=60%)을 적용하면 산출세액은 2억 7,256만 원, 총 납부세액은 2억 9,982만 원이 된다. 시한을 지켰을 때보다 약 1억 4,465만 원, 비율로는 93% 더 내는 셈이다. 3주택 이상이면 세율이 70%까지 올라가 총 납부세액이 3억 5,454만 원, 시한 준수 대비 약 1억 9,938만 원(129%)이 더 나온다.

과세표준이 낮은 물건은 중과의 절대금액도 작지만, 양도차익이 클수록 기한을 지키는 실익은 비례해서 커진다. 양도차익이 2억 원 안팎인 물건과 5억 원을 넘는 물건은 시한을 넘겼을 때의 체감 손실 자체가 다르다.

예시는 양도가액 11억 원, 취득가액 6억 원, 보유기간 8년, 기본공제 250만 원을 적용한 단순 계산이며 실제 세액은 필요경비, 1세대 주택 수 판정, 지역별 세부 요건에 따라 달라진다. 정확한 세액은 전문가 확인이 필요하다.

기한을 지키기 위해 지금 확인해야 할 것

실제 상담에서 자주 보는 패턴이 있다. 5월 초 서둘러 토지거래허가를 신청해두고 안심하고 있다가, 매수인 측 주택담보대출 실행이 늦어지면서 잔금일이 10월 말에서 11월 중순으로 밀리는 경우다. 계약서상 잔금일이 시한보다 하루라도 늦게 잡혀 있으면 등기가 조금만 지연돼도 시한을 넘긴다.

여기서 실무자들이 놓치기 쉬운 지점이 하나 있다. 일반적인 양도소득세 양도시기 판정은 대금청산일과 등기접수일 중 빠른 날을 기준으로 삼는다. 그런데 이번 유예 특례는 잔금 지급과 소유권이전등기를 포함한 거래 완료를 요건으로 제시하고 있어서, 잔금만 시한 안에 치렀다고 안심할 사안이 아니다. 등기 접수가 시한을 넘기면 중과 배제가 인정되지 않을 위험이 남는다.

판단 기준은 단순하다. 계약서상 잔금일이 지역별 시한(9월 9일 또는 11월 9일)보다 최소 2~3주 이상 여유가 있는지, 그 사이에 등기소요기간(통상 접수 후 2~3주, 토지거래허가구역은 이보다 더 걸리는 경우도 있다)까지 확보되는지를 먼저 확인해야 한다. 잔금일이 시한에 바짝 붙어 있다면 매수인 측 대출 실행 일정과 법무사 등기 접수 일정을 미리 당겨두는 편이 안전하다.

5월 9일 신청은 유예를 받은 게 아니라, 유예를 받을 조건에 들어선 것이다.

허가 신청일이 계약일로 인정된다는 소식에 안도하고 잔금 일정을 느슨하게 잡아두면, 정작 중요한 11월 9일 거래완료 시한을 넘기고서야 세액 차이를 확인하게 되는 경우가 많다. 안택스는 이런 거래 일정과 세액 시뮬레이션을 함께 점검해 다주택자의 양도 타이밍을 관리한다.