동업으로 음식점이나 학원, 소매점을 함께 운영하다 한 명이 연말에 손을 떼기로 하면 가장 먼저 부딪히는 질문이 있습니다. 사업자등록증은 어떻게 바꾸고, 부가세와 종합소득세 신고는 누가 하느냐는 것이죠.
결론은 이렇습니다. 탈퇴 후에도 2인 이상이 남으면 사업자등록을 정정하고 기존 번호로 신고를 이어가며, 1인만 남으면 공동사업장을 폐업하고 남은 사람이 단독 사업자로 새로 등록하는 것이 일반적입니다. 종합소득세는 어느 경우든 탈퇴자와 잔존자가 각자 자기 지분 몫을 신고합니다.
등록 정리의 갈림길은 남는 사람이 몇 명이냐입니다. 지분 대가의 과세와 탈퇴 전 세금의 연대책임은 합의서에 적은 것과 별개로 움직이므로, 탈퇴 전에 정산 방식을 문서로 남겨야 합니다.
탈퇴 후 몇 명이 남느냐에 따라 사업자등록은 정정과 폐업으로 갈립니다
구성원이 줄어도 공동사업이라는 과세 주체가 그대로면 기존 사업자등록번호를 씁니다. 반대로 공동사업이 단독 사업으로 바뀌면 과세 주체가 달라지므로 번호를 이어 쓰기 어렵습니다.
2인 이상이 남을 때: 정정신고
3인 이상 동업에서 한 명이 빠지는 경우입니다. 사업자등록 정정신고서에 동업해지계약서(탈퇴 사실을 증명하는 서류)를 붙여 관할 세무서나 홈택스로 신고합니다. 구성원, 출자 명세, 손익분배비율이 바뀌었으면 함께 고칩니다. 서류가 갖춰지면 통상 신고 당일이나 2일 이내에 정정된 등록증이 나옵니다.
1인만 남을 때: 폐업과 신규 등록
2인 동업에서 한 명이 나가면 더는 공동사업이 아니라 단독 사업입니다. 공동사업장 명의로 폐업신고를 하고, 남은 사람이 본인 명의로 새로 사업자등록을 합니다. 이때 사업 설비와 재고, 계약관계를 그대로 넘기는 형태라면 포괄양수도(사업의 모든 권리와 의무를 통째로 넘기는 거래)에 해당해 부가세 과세 대상에서 빠질 여지가 있습니다. 요건을 갖췄는지는 양도 범위에 따라 달라지므로 전문가 확인이 필요합니다.
동업자 사이 합의가 끝나도 등록증이 그대로면 세무서 기준으로는 탈퇴 전 구성원이 계속 공동사업자입니다. 탈퇴자 명의로 소득이 분배되고 연대책임도 이어지므로, 합의서 날짜에 맞춰 정정 또는 폐업 신고를 늦추지 마세요.
연말 탈퇴는 부가세와 종합소득세 일정이 한꺼번에 몰립니다
12월 말에 탈퇴하면 1월 말과 5월 말에 신고가 연달아 돌아옵니다. 일정을 거꾸로 짚어 두면 누락이 줄어듭니다.
부가세: 탈퇴일이 아니라 사업장 기준으로 신고합니다
공동사업을 계속하는 경우 2026년 제2기(7~12월) 확정신고는 기존 사업자번호로 2027년 1월 25일까지 합니다. 탈퇴자의 지분이 없어진다고 해서 부가세 신고가 둘로 쪼개지지 않습니다. 1인만 남아 12월 31일에 공동사업장을 폐업하면 폐업일이 속하는 달의 말일부터 25일 이내이므로 기한은 역시 1월 25일이고, 신규 단독 사업자는 다음 해 1월 1일부터 별도로 시작합니다.
종합소득세: 지분율대로 나누고 각자 합산합니다
공동사업장의 소득금액은 사업장 단위로 계산한 뒤 손익분배비율(약정이 없으면 지분 비율)에 따라 구성원에게 나눕니다. 구성원은 분배받은 소득을 다른 소득과 합산해 2027년 5월에 종합소득세를 신고합니다. 연말에 탈퇴해도 올해 귀속 소득의 분배 대상에서 빠지지 않습니다. 탈퇴 일자 이후 소득만 분배에서 제외되기 때문에, 12월 말 탈퇴자는 사실상 1년치 몫을 받는다고 보면 됩니다.
숫자로 보면: 5대5 동업, 연 소득금액 1억원
2026년 귀속 공동사업장 소득금액이 1억원이고 지분이 5대5라고 하겠습니다. 12월 말 탈퇴자 A와 잔존자 B는 각각 5,000만원을 분배받아 2027년 5월에 신고합니다. 다른 소득과 공제가 없다고 단순화해 A의 과세표준을 5,000만원으로 두면, 2026년 귀속 세율(과세표준 1,400만원 이하 6%, 1,400만원 초과 5,000만원 이하 15%)로 산출세액은 다음과 같습니다.
| 구간 (과세표준) | 세율 | 계산 | 세액 |
|---|---|---|---|
| 1,400만원 이하 | 6% | 14,000,000 × 6% | 840,000원 |
| 1,400만원 초과 5,000만원 이하 | 15% | 36,000,000 × 15% | 5,400,000원 |
| 합계 | — | — | 6,240,000원 |
A에게만 지분 대가가 따로 생기면 그 소득이 합산되어 세율 구간이 올라갈 수 있습니다. 과세표준이 5,000만원을 넘는 부분부터는 24% 세율이 적용되므로, 탈퇴 대가가 큰 사람일수록 연말 정산 시기를 따져 볼 이유가 커집니다.
탈퇴자가 받는 지분 대가는 출자금을 넘는 부분부터 과세됩니다
탈퇴하며 받는 돈이 모두 세금 대상은 아닙니다. 판례의 취지도 탈퇴 시 받는 금전이나 재산 중 출자금을 넘는 금액이 과세 대상이라는 쪽입니다. 다만 그 초과분을 어떤 소득으로 보느냐는 탈퇴 당시 사업 재산의 구성에 따라 사업소득이나 양도소득 등으로 갈립니다.
예: 출자 5,000만원, 지분 대가 8,000만원
A가 5,000만원을 출자했고 잔존자 B에게 지분을 넘기며 8,000만원을 받는다고 하면, 5,000만원은 원금 반환이고 3,000만원이 출자금을 넘는 금액입니다. 이 3,000만원이 사업소득인지 양도소득인지는 사업장에 상가 권리나 부동산이 있는지, 이익이 어디서 나왔는지에 따라 달라집니다. 사업용 자산이 인테리어와 집기뿐인 소규모 음식점과, 건물 지분을 함께 보유한 동업은 같은 3,000만원이라도 신고 방식이 다릅니다.
탈퇴자와 잔존자의 유불리 기준
- 대가를 크게 받는 탈퇴자라면 합의서에 출자금 반환액과 초과 대가를 나눠 적어 두는 쪽이 유리합니다. 원금 부분을 입증하기 쉽습니다.
- 부가세 과세 대상이 되는 자산 이전이 섞여 있으면 포괄양수도 요건 충족 여부에 따라 잔존자의 세부담이 달라집니다.
- 잔존자는 지급한 대가를 사업용 자산 취득가액으로 어떻게 반영할지 정해야 이후 감가상각 계산이 틀어지지 않습니다.
탈퇴해도 탈퇴 전 세금은 연대책임이 남습니다
공동사업에 관한 국세는 구성원이 연대하여 납부할 의무가 있습니다(국세기본법 제25조). 탈퇴 합의서에 "탈퇴 전 세금은 잔존자가 부담한다"고 써도 국가에 대해서는 효력이 제한되는 이유입니다.
상담에서 자주 보는 사례를 하나 들면, 연 매출 4억원대 학원을 3인이 운영하다 한 명이 12월에 빠졌는데 다음 해 가을 세무서에서 부가세 체납 고지서가 날아온 경우입니다. 잔존자 둘이 자금 사정으로 납부를 미뤘고, 탈퇴자는 합의서만 믿고 확인하지 않았습니다. 구성원 사이의 내부 약속과 국가에 대한 납세의무는 서로 다른 층이어서, 내부 약속을 어긴 상대에게 나중에 구상(대신 낸 돈을 돌려받는 청구)을 하는 방법밖에 남지 않습니다.
탈퇴 대가를 지급할 때 정산 항목에 "탈퇴 전 귀속 부가세 등 공동사업 국세 예상액"을 별도로 잡고, 신고 후 납부 확인서를 주고받도록 합의서에 넣어 두세요. 근로자 4대보험 사업장 정리와 사업용 계좌 명의 변경도 같은 날 처리해야 책임이 이중으로 남지 않습니다.
동업을 끝내는 날짜는 합의서가 아니라 사업자등록과 신고가 정합니다. 날짜와 정산 항목을 문서 하나에 같이 적어야 탈퇴가 깔끔하게 끝납니다.
탈퇴 시점의 지분 평가나 포괄양수도 판단이 걸려 있다면 안택스 같은 세무회계사무소에서 합의서 초안 단계부터 검토를 받는 편이 안전합니다.