재고 폐기손실 비용처리와 부가세 간주공급, 연말 전 폐기 증빙 어떻게 남길까

의류 편집숍, 화장품 판매점, 식자재 도매처럼 재고가 쌓이는 업종의 개인사업자는 12월이 되면 같은 고민에 부딪힙니다. 1년 넘게 팔리지 않은 재고를 창고에 두자니 장부상 자산으로 계속 남고, 버리자니 "버린 것을 어떻게 비용으로 인정받나", "버렸다고 했다가 오히려 부가세를 추가로 내는 것 아닌가" 하는 걱정이 앞서죠.

답부터 말씀드리면, 폐기 사실을 객관적으로 입증하는 증빙을 남기면 폐기손실은 해당 연도 필요경비로 인정되고, 폐기는 부가가치세법상 재화의 공급이 아니므로 간주공급 과세도 일어나지 않습니다. 입증하지 못하면 두 가지가 동시에 틀어집니다. 비용은 부인되고, 재고의 행방이 불분명한 만큼 판매 누락이나 무상 반출로 의심받을 수 있습니다. 증빙 종류와 효력, 간주공급과 갈리는 경계, 증빙이 부실할 때의 실제 금액, 연말 전 실행 순서를 순서대로 다룹니다.

폐기손실은 어떤 조건에서 비용이 되고, 부가세는 왜 문제가 되는가

폐기손실이 비용(필요경비)이 되려면 실제로 폐기했고 그 사실을 객관적으로 입증할 수 있어야 합니다. 국세청은 재고자산 폐기손실의 손금 인정 요건을 묻는 질의에서, 폐기물관리법의 적용을 받는 폐기물은 해당 법률의 절차에 따라 폐기해야 하고 폐기 사실을 객관적으로 입증할 증거를 갖춰야 한다는 취지로 일관되게 회신해 왔습니다. 법인세 해석이지만 사업용 재고의 폐기손실 판단 기준은 개인사업자에게도 같은 취지로 적용되는 것이 실무 운용입니다. 사업연도 말 현재 처분 가능한 시가 평가나 상품성·시장성 같은 사정도 종합해 사실판단한다는 점은 알아 두셔야 합니다.

평가손실과 폐기손실은 다른 항목입니다

팔리지 않는다는 이유로 장부상 재고 가격을 낮추는 평가손실은 재고자산 평가방법을 저가법으로 신고한 경우에만 문제가 됩니다. 신고하지 않으면 원가법이 적용되므로, 값어치가 떨어졌다는 사정만으로는 비용이 생기지 않습니다. 비용으로 인정받으려면 재고가 장부에서 사라지는 사건, 즉 폐기가 일어나야 하고, 그 사건을 증명하는 자료가 필요합니다.

부가세는 폐기 자체가 아니라 "폐기가 아닌 것으로 보일 때" 문제가 됩니다

부가가치세법 제10조는 재화의 공급으로 보는 경우로 자가공급, 개인적 공급, 사업상 증여, 폐업 시 잔존재화를 정합니다. 재화를 쓰레기로 처분하는 폐기는 이 목록에 없습니다. 따라서 폐기가 사실이면 매입세액을 추징하거나 매출세액을 따로 내야 하는 구조가 아닙니다. 문제는 증빙이 없을 때 생깁니다. 장부에서 빠진 재고가 폐기되었는지, 누군가에게 넘어갔는지, 대표자 집으로 갔는지를 과세관청은 사업자의 자료로만 구분할 수 있습니다.

인정받는 폐기 증빙은 무엇이고 어디까지 갖춰야 하나

폐기 증빙은 한 가지로 끝나지 않고 네 가지가 같은 수량과 날짜를 말해야 합니다. 국세청이 예시로 드는 자료는 폐기내역서, 사진, 폐기업체의 증명이며, 실무에서는 여기에 상품수불부를 더해 장부와 연결합니다.

실제 상담에서 자주 보는 모습

수도권에서 연 매출 4억 원대 의류 편집숍을 운영하는 개인사업자가 이월 시즌 상품 원가 1,800만 원어치를 12월에 폐기했다고 해 보겠습니다. 사업주는 매장 뒤편에서 옷을 자루에 담아 폐기물 수거 차량에 실었고, 사진 두 장이 남았습니다. 폐기업체 서류는 없고, 장부상 재고는 그대로입니다. 이 경우 폐기내역서가 없고 사진으로는 몇 벌인지 알 수 없으며 수불부도 맞지 않아 네 가지가 모두 흩어집니다. 세무조사나 경정청구 검토 단계에서 이 상태로는 입증이 어렵다고 보는 편이 안전합니다.

폐기와 간주공급이 갈리는 경계: 누구의 손으로 넘어갔는가

폐기인지 간주공급인지는 재고가 소멸했는지, 누군가의 쓰임으로 넘어갔는지에서 갈립니다. 재고를 쓰레기로 처리해 사용 가치가 사라졌다면 폐기이고, 거래처에 대가 없이 주었거나 대표자나 가족이 쓰려고 가져갔다면 공급으로 의제될 수 있습니다.

폐기가 아깝다면 헐값 판매가 오히려 안전한 경우

폐기 대신 원가 이하로 파는 방법도 있습니다. 판매하면 실제 받은 대가가 매출이 되고 세금계산서·현금영수증 발행 대상이 되지만, 재고가 어디로 갔는지는 거래 자체가 입증합니다. 폐기 증빙을 갖추기 어려운 소량·소액 재고는 판매가 증빙 부담이 적습니다. 반대로 시장 가격 아래로 특수관계인에게 파는 경우는 별도 판단이 필요합니다. 거래처에 나눠주는 방식은 견본품이나 불특정 다수에게 주는 광고선전용 물품 같은 과세 제외 대상이 아닌 이상 사업상 증여가 될 수 있어 폐기와 다르게 취급됩니다.

증빙이 부실하면 얼마가 나오는가, 그리고 연말 전 실행 순서

증빙이 부실하면 폐기손실이 부인되는 순간 세금이 나오는데, 앞서 본 편집숍 사례(폐기 원가 1,800만 원)로 계산하면 2026년 기준 약 535만 원입니다. 다른 소득이 있어 해당 연도 과세표준이 6,000만 원 안팎인 사업자(소득세 한계세율 24%)를 가정합니다.

부가세는 별도입니다. 증빙이 없는 재고가 무상 반출이나 판매 누락으로 의심되면 시가(가령 1,200만 원) 기준 매출세액 120만 원이 추가로 문제될 수 있고, 이 금액은 위 합계에 들어 있지 않습니다. 반대로 증빙을 갖춰 두면 이 비용 전체가 사라집니다. 폐기에 드는 수고와 수십만 원의 폐기업체 비용은 이 추징 규모와 비교하면 부담이 크지 않죠.

연말 전 실행 순서

순서는 실사 → 폐기 → 정리입니다. 11월에 품목별 재고 수량과 원가를 확정하고, 12월에 폐기와 사진·영상 촬영, 폐기업체 서류 수령을 마치고, 12월 말 전에 수불부와 폐기내역서를 정리해 둡니다. 폐기를 실제로 완료한 날이 귀속 연도를 정하므로, 2026년 비용으로 잡으려면 폐기와 증빙이 12월 31일 안에 끝나야 합니다. 폐기물의 종류와 배출 형태에 따라 위탁 처리 절차가 달라지므로 관할 지자체의 안내를 확인하세요.

폐기손실은 버린 사실이 아니라, 버린 사실을 증명하는 자료가 비용이 됩니다.