"장특공제가 전면 개편된다"는 기사 제목만 보고 걱정스러운 마음에 문의하시는 건물주분들이 많습니다. 결론부터 말씀드리면, 실제로 임대업에 쓰이는 상가나 빌딩이라면 2028년 이후에도 지금과 같은 방식으로 공제액이 계산됩니다. 보유기간에 연 2%씩 쌓여 15년 이상이면 최대 30%를 채우는 계산식 자체는 그대로 남습니다.
2026년 8월 3일 발표된 세제개편안이 실제로 손대는 부분은 계산식이 아니라 제도의 이름과 적용 대상입니다. 장기보유특별공제가 주택용(장기거주 소득공제)과 비주택용(장기보유 소득공제)으로 나뉘면서, 상가·빌딩은 조문이 갈라질 뿐 계산 로직은 유지됩니다. 다만 그 과정에서 상가·빌딩 건물주도 반드시 짚어야 할 변화가 하나 끼어 있는데, 바로 '비사업용 토지' 배제 규정입니다.
이 글은 2028년 1월 1일 양도분부터 적용되는 새 규정을 기준으로, 상가·빌딩의 계산식이 실제로 무엇이 바뀌고 무엇이 그대로인지, 그리고 어떤 자산이 위험군에 들어가는지를 순서대로 정리했습니다.
상가·빌딩 자체의 장특공제 계산식(연 2%, 최대 30%)은 2028년 이후에도 그대로입니다. 진짜 위험한 변화는 나대지·장기 공실처럼 사업에 쓰이지 않는 부동산이 '비사업용 토지'로 분류되면서 공제가 통째로 사라지는 규정입니다.
지금 상가·빌딩에 적용되는 장기보유특별공제는 어떻게 계산되나요
결론부터 말하면 계산 구조는 단순합니다. 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱한 금액을 과세표준에서 빼주는 방식이고, 주택처럼 거주 요건이 붙지 않습니다. 소득세법 제95조에 따라 3년 이상 보유한 토지·건물은 보유 1년마다 2%포인트씩 공제율이 늘고, 15년 이상 보유하면 최대 30%까지 채워집니다.
실무에서 자주 헷갈리는 부분은 이 표가 1세대 1주택 고가주택에 적용되는 표와 다른 표라는 점입니다. 주택은 보유·거주를 각각 따지지만, 상가·빌딩 같은 일반 부동산은 보유기간 하나만 봅니다. 건물주가 직접 거주하지 않아도, 세입자에게 임대만 주고 있어도 공제율은 그대로 적용됩니다.
| 보유기간 | 공제율 | 보유기간 | 공제율 |
|---|---|---|---|
| 3년 이상 4년 미만 | 6% | 10년 이상 11년 미만 | 20% |
| 4년 이상 5년 미만 | 8% | 11년 이상 12년 미만 | 22% |
| 5년 이상 6년 미만 | 10% | 12년 이상 13년 미만 | 24% |
| 6년 이상 7년 미만 | 12% | 13년 이상 14년 미만 | 26% |
| 7년 이상 8년 미만 | 14% | 14년 이상 15년 미만 | 28% |
| 8년 이상 9년 미만 | 16% | 15년 이상 | 30% |
| 9년 이상 10년 미만 | 18% | - | - |
2026년 세제개편안은 이 계산방식을 실제로 어떻게 바꾸나요
바뀌는 것은 계산식이 아니라 제도의 틀입니다. 기획재정부는 하나로 묶여 있던 장기보유특별공제를 주택용과 비주택용으로 나누기로 했습니다. 주택은 '장기거주 소득공제'라는 이름으로 실거주 기간 중심 공제로 전환되고, 상가·빌딩·토지 같은 비주택 자산은 '장기보유 소득공제'라는 이름으로 지금의 보유기간 기준 표를 그대로 이어받습니다. 시행일은 2028년 1월 1일 이후 양도분부터이고, 그 전까지는 지금 체계가 유예됩니다.
이름이 갈라진다고 해서 상가·빌딩 건물주에게 불이익이 생기는 것은 아닙니다. 오히려 주택에 새로 생기는 공제한도(2028년 20억원, 2029년 이후 10억원) 같은 제약이 비주택 자산에는 적용되지 않는다는 점이 명확해졌습니다. 문제는 표에서 보듯 주택 쪽 변화 폭이 크다 보니, 언론 보도를 보고 비주택 자산주도 같은 폭의 변화를 겪는다고 오해하기 쉽다는 데 있습니다.
| 구분 | 주택 (장기거주 소득공제) | 비주택 (장기보유 소득공제) |
|---|---|---|
| 공제 기준 | 실거주 기간 | 보유기간 (기존과 동일) |
| 공제율 | 거주 연 8%, 단계적 전환 | 연 2%, 최대 30% (기존 유지) |
| 공제한도 | 2028년 20억원, 2029년 이후 10억원 | 별도 한도 없음 |
| 시행일 | 2028.1.1 이후 양도분 | 2028.1.1 이후 양도분 (근거 조문만 분리) |
그렇다면 상가·빌딩 건물주는 안심해도 되나요
건물이 실제로 임대업이나 영업에 쓰이고 있다면 안심해도 됩니다. 판단 기준은 딱 하나입니다. 그 부동산이 사업용으로 실제 쓰이고 있는지 여부입니다. 임대차 계약이 살아 있는 상가, 정상 영업 중인 빌딩은 지금과 같은 표를 그대로 적용받습니다. 반대로 건물 없이 세워둔 나대지, 인허가만 받고 착공을 미룬 필지, 사업 목적 없이 방치된 주차장이라면 얘기가 달라집니다. 2028년 1월 1일 이후 양도분부터는 개인이 보유한 비사업용 토지가 장기보유특별공제 배제 대상에 추가되기 때문입니다.
실제 상담에서 자주 보는 사례가 있습니다. 강남권 꼬마빌딩을 매입한 뒤 신축을 계획하고 기존 건물을 철거해 나대지 상태로 2~3년을 보낸 자산가의 경우, 착공이 계속 늦어지면 그 기간이 고스란히 '사업에 쓰이지 않은 기간'으로 잡힙니다. 리모델링을 이유로 1년 넘게 공실을 유지한 상가도 임대 시도 기록이 없다면 같은 위험군에 들어갑니다. 건물주 입장에서는 "곧 다시 임대 놓을 건물"이라고 생각하지만, 과세 관청은 실제 사용 실적으로 판단합니다.
실제 세금 차이는 얼마나 날까요
숫자로 보면 체감이 확실해집니다. 취득가 10억원, 양도가 20억원인 상가를 12년 보유한 뒤 파는 경우를 가정합니다. 양도차익은 10억원입니다.
사업용으로 계속 유지한 경우라면 12년 보유 공제율 24%가 그대로 적용됩니다. 공제액은 2억 4천만원이고, 과세표준은 7억 6천만원으로 줄어듭니다. 반면 같은 자산이 비사업용 토지로 판정되면 공제율은 0%가 되어 과세표준이 10억원 그대로 남고, 여기에 기본세율보다 10%포인트 오른 중과세율까지 얹힙니다. 과세표준이 2억 4천만원 더 커지는 효과와 세율 자체가 오르는 효과가 동시에 발생하는 구조입니다.
| 구분 | 사업용 유지 (상가·빌딩) | 비사업용 토지로 판정 |
|---|---|---|
| 양도차익 | 10억원 | 10억원 |
| 장특공제율(12년 보유) | 24% | 0% (전액 배제) |
| 공제액 | 2억 4천만원 | 0원 |
| 과세표준 | 7억 6천만원 | 10억원 |
| 양도세 중과 | 해당 없음 | 기본세율 +10%p (2028.1.1~) |
실제 산출세액은 해당 연도 누진세율 구간과 지방소득세까지 함께 계산해야 하므로, 정확한 금액은 전문가 확인이 필요합니다. 다만 공제율 차이만으로도 과세표준이 억 단위로 벌어진다는 점은 분명합니다.
착공 지연이나 리모델링을 이유로 건물을 비워둔 상태를 "임시"라고 여기고 방치하면, 2028년 1월 1일 이후 양도 시점에는 이미 비사업용 기간으로 산정돼 있을 수 있습니다. 실제 임대·영업 기록을 남겨두는 것이 공제를 지키는 가장 확실한 방법입니다.
계산식은 그대로여도, 그 계산식이 적용되려면 자산이 지금 무엇으로 쓰이고 있는지가 먼저 증명돼야 합니다.
상가·빌딩의 장기보유특별공제는 이름만 바뀔 뿐 숫자는 그대로 남습니다. 다만 그 숫자를 온전히 받으려면 보유 중인 자산이 실제로 사업에 쓰이고 있다는 사실이 함께 있어야 합니다. 안택스 에셋은 건물의 임대·시설 운영 현황을 실시간으로 관리하면서, 이런 세무 리스크를 놓치지 않도록 건물주와 함께 점검합니다.