국세청은 과세할 수 있습니다. 상속세 및 증여세법 제38조(합병에 따른 이익의 증여)가 정확히 이 상황을 겨냥한 조문입니다. 부모가 지배하는 두 비상장 계열사를 합치면서 합병비율을 한쪽에 유리하게 정했고, 그 덕에 자녀가 가진 주식의 가치가 합병 전보다 올랐다면 오른 만큼이 자녀의 증여재산이 됩니다.
자녀 이름으로 현금이 오간 적도 없고 부모가 주식을 넘긴 계약서도 없는데 증여세 고지서가 나오는 이유는 증여세가 대가 없이 재산 가치가 늘어난 사실 자체를 과세하기 때문입니다. 합병은 법인 사이의 거래로 끝나는 듯 보여도 주주 개인의 지분 가치는 합병비율에 따라 위아래로 움직입니다.
과세가 항상 되는 것은 아닙니다. 계열사 간 특수관계, 대주주 해당 여부, 이익의 크기 기준, 합병가액을 어떻게 산정했는지가 모두 맞물립니다. 요건별 판단 기준과 자녀 이익 4억 원을 가정한 세액 계산은 아래와 같습니다.
합병비율이 불리했는지 유리했는지는 과세 기준이 아닙니다. 합병 직전과 직후를 비교해 자녀 지분 가치가 기준금액 이상 늘었다면 이익 전액에 증여세가 붙습니다. 합병가액을 법정 평가방식으로 맞췄는지가 실무에서 승패를 가릅니다.
합병비율이 어긋나면 왜 자녀에게 증여세가 나오나
합병비율은 소멸하는 회사 주주에게 존속회사 주식을 몇 주 줄지 정하는 숫자입니다. 두 회사의 주식 가치를 어떤 평가액으로 놓느냐에 따라 값이 달라지고, 한쪽 회사 주식이 실제보다 낮게 평가되면 그 회사 주주가 받을 신주가 줄어듭니다. 줄어든 몫은 사라지지 않고 상대 회사 주주의 지분 가치로 넘어갑니다.
제38조는 이 이동분을 증여로 봅니다. 합병등기일이 증여일이고, 납세의무자는 이익을 얻은 대주주등입니다. 부모가 자녀에게 주식을 건넨 사실이 없어도, 부모 쪽 회사 주주가 손해를 보고 자녀가 이득을 본 구조라면 증여자를 특정하는 문제와 별개로 이익 자체가 과세 대상이 됩니다. 법인세법에도 같은 현상을 다루는 규정이 있어서, 주주가 법인이면 증여세가 아니라 법인세 쟁점으로 넘어갑니다.
비율이 다소 어긋났다는 사실만으로 과세하는 것은 아닙니다. 합병 당사 주주 사이에 이익의 차등이 실제로 생겼는지를 주주별로 계산해 보고, 그 금액이 기준금액을 넘을 때 과세 여부가 갈립니다.
증여세가 붙으려면 어떤 요건을 모두 갖춰야 하나
세 가지가 한꺼번에 충족돼야 합니다. 합병 당사 법인이 서로 특수관계에 있을 것, 이익을 본 사람이 대주주등에 해당할 것, 이익이 기준금액 이상일 것입니다. 하나라도 빠지면 제38조 과세는 성립하지 않습니다.
| 요건 | 법령 기준 (2026년) | 실무에서 걸리는 지점 |
|---|---|---|
| 특수관계 법인 간 합병 | 합병 당사 법인이 서로 지배·출자 등 특수관계 | 오너 일가가 양쪽을 지배하는 계열사 합병은 대부분 해당 |
| 대주주등 | 특수관계인 지분을 합산해 발행주식총수의 1% 이상 또는 액면가액 3억 원 이상 | 자녀 지분이 작아 보여도 부모·형제 지분을 합산하면 대주주가 되는 경우가 많음 |
| 기준금액 | 이익이 합병 후 해당 주식 평가가액의 30%와 3억 원 중 적은 금액 이상 | 기준금액 이상이면 초과분이 아니라 이익 전액 과세 |
| 합병가액 산정 | 비상장 간 합병은 상증법상 평가방식(시행령 제28조 제1항)에 따른 가액 사용 | 법정 방식대로 비율을 정하면 이익이 거의 생기지 않음 |
마지막 줄이 실질적 방어선입니다. 합병가액을 상증법 시행령이 정한 방식으로 산정하고 그 가액대로 합병비율을 정했다면, 합병 전후 주주별 가치 이동이 생기지 않는 것이 보통입니다. 반대로 외부 회계법인의 수익가치 평가보고서를 근거로 비율을 정한 경우처럼 법정 평가액과 어긋난 수치를 썼다면 이익이 계산됩니다. 비상장주식의 법정 평가는 순손익가치와 순자산가치를 3 대 2로 가중평균하고(부동산 과다보유 법인은 2 대 3), 순자산가치의 80%를 하한으로 두는 방식입니다. 상장법인이 끼는 합병은 자본시장법상 합병가액 규정이 별도로 적용됩니다.
자녀 이익은 얼마로 계산되고 세금은 얼마인가
이익은 합병 직후 지분 가치에서 합병 직전 지분 가치를 뺀 금액입니다. 주식을 교부받는 주주라면 합병 후 1주당 평가액과 주가가 과대평가된 회사의 1주당 평가액의 차이에 교부 주식 수를 곱하는 방식으로 시행령이 정합니다. 숫자로 따라가는 편이 빠릅니다.
실제 상담에서 자주 보는 구조: 제조업 계열사 두 곳의 흡수합병
아버지가 A사(소멸)를 100% 보유하고, B사(존속)는 자녀 80%, 아버지 20%로 보유한 가족 기업을 가정합니다. A사 평가액은 30억 원(10만 주, 주당 3만 원), B사는 20억 원(20만 주, 주당 1만 원)입니다. 정상 비율이라면 A사 1주당 B사 3주를 줘야 하는데, 합병계약서에는 A사 1주당 B사 2주로 적었습니다.
A사 주주인 아버지는 B사 신주를 20만 주(정상은 30만 주) 받습니다. 합병 후 B사는 40만 주, 순자산 합계 50억 원이므로 1주당 1만 2,500원이 됩니다. 아버지는 합병 전 A사 30억 원과 B사 지분 4억 원, 합계 34억 원에서 합병 후 24만 주, 30억 원으로 4억 원이 줄고, 같은 4억 원이 자녀 쪽으로 넘어갑니다.
| 항목 | 계산 | 금액 |
|---|---|---|
| 합병 이익 | (12,500원 − 10,000원) × 16만 주 | 4억 원 |
| 기준금액 | 합병 후 지분 20억 원의 30% = 6억 원, 3억 원 중 적은 금액 | 3억 원 |
| 과세 여부 | 4억 원 ≥ 3억 원 | 이익 전액 과세 |
| 증여세 산출세액 | 4억 원 × 20% − 누진공제 1,000만 원 (과세구간 1억 초과 5억 이하) | 7,000만 원 |
| 신고세액공제 | 기한 내 신고 시 산출세액의 3% | 210만 원 |
| 납부세액 | 7,000만 원 − 210만 원 | 6,790만 원 |
이익이 2억 5천만 원으로 기준금액 3억 원에 못 미쳤다면 같은 구조에서도 과세가 없습니다. 그래서 3억 원 전후가 실질적 분기점입니다. 다만 위 계산은 증여재산공제를 적용하지 않은 금액입니다. 합병 이익은 증여자를 특정하기 어려워 공제 적용 여부가 사안마다 다를 수 있고, 실제 세액은 합산과세 여부까지 확인해야 하므로 전문가 검토가 필요합니다.
과세 여부를 가르는 실무 함정과 사전 점검 순서
합병이 끝난 뒤에는 비율을 바꿀 수 없으니 승부는 합병계약서를 쓰기 전에 납니다. 실제로 문제가 되는 지점은 비교적 반복되는 패턴입니다.
외부 평가기관 보고서가 오히려 불리하게 작용하는 경우
합병 비율의 공정성을 높이려고 회계법인 평가를 받는 일이 흔합니다. 그런데 비상장 간 합병의 경우 합병가액은 상증법상 평가방식이 기준이어서, 현금흐름 할인 같은 수익가치 중심 평가와 숫자가 달라집니다. 회사법상 합병비율이 합리적이었는지와 세법상 이익이 있었는지는 서로 다른 질문입니다. 법원도 비상장법인 간 합병비율은 법령에 산정방법이 없어 여러 가치를 종합해 정한다고 보지만, 세법은 증여이익을 별도로 계산합니다.
법인 주주가 섞여 있으면 세목이 갈린다
지주회사나 개인 법인이 합병 당사 법인의 주주라면 그 부분은 법인세로 넘어갑니다. 대법원 2022. 12. 29. 선고 2018두59182 판결은 양쪽 법인 주식을 함께 가진 동시주주에 대해 불공정합병의 손실과 이익을 통산해 익금을 산정해야 한다고 판단했습니다. 개인 자녀 몫은 증여세, 법인 몫은 법인세로 나뉘는 만큼 주주 명부를 먼저 세목별로 분류해야 합니다.
신고기한은 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월입니다. 신고하지 않으면 무신고가산세 20%(부정행위 40%)와 납부지연가산세(1일 0.022%)가 붙고 부과제척기간도 15년으로 늘어납니다. 합병 건은 금액이 커서 가산세만으로도 부담이 큽니다.
합병 전에 확인하는 세 단계
- 양쪽 회사의 1주당 가치를 상증법 평가방식으로 계산해 합병비율 초안과 대조합니다.
- 대주주 해당 여부를 특수관계인 지분 합산 기준으로 주주별로 판정하고, 합병 전후 지분 가치를 비교합니다.
- 이익이 기준금액(합병 후 지분 가치의 30%와 3억 원 중 적은 금액)에 근접하면 비율을 법정 평가액에 맞추고, 이미 넘었다면 기한 내 신고를 준비합니다.
자녀 쪽 이익이 3억 원을 크게 넘는다면 비율을 맞추는 쪽이 세금도 분쟁도 줄입니다. 반대로 합병 후 사업 시너지가 커서 1주당 가치가 오르는 경우에는 주주 전원이 같은 비율로 오르므로 이익 이동이 아니고 과세 대상도 아닙니다.
합병비율은 계약서의 숫자이고, 증여세는 합병 전후 지분 가치의 차이로 계산됩니다.
비율이 합리적이었는지 따지기 전에 합병가액이 법정 평가방식과 맞는지부터 확인해야 하고, 기준금액을 넘는 이익은 합병등기일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 신고해야 합니다. 합병 이익 증여세는 주주 구성과 평가 방식에 따라 결과가 달라지므로 계약 체결 전에 시뮬레이션을 돌려 보시길 권합니다.