직원 늘려 받은 고용증대세액공제, 퇴사자 나오면 반환해야 할까

올해 채용을 늘려 세액공제를 기대했던 중소기업 대표님이라면, 연말이 다가올수록 마음이 복잡해집니다. 신규 채용 3~4명으로 계산해둔 공제액이 있는데, 그중 한 명이 연말을 앞두고 퇴사를 통보하면 받으려던 세금혜택이 통째로 사라지는 건 아닌지 걱정이 되기 때문입니다.

결론부터 말하면 반환 여부는 두 가지 상황을 구분해야 답이 나옵니다. 올해 늘어난 인원이 올해 안에 줄어든 경우와, 이미 지난해 신고에서 공제를 받은 인원이 올해 줄어든 경우는 계산 구조가 다릅니다. 전자는 아직 신고하지 않은 올해분 공제액이 소폭 줄어드는 문제이고, 후자는 이미 받은 공제 중 감소분에 해당하는 세액을 실제로 다시 납부하는 사후관리(추징) 문제입니다.

상시근로자 수는 '몇 명이 남았나'가 아니라 '연평균 몇 명이었나'로 계산한다

통합고용세액공제(조세특례제한법 제29조의8)는 예전에 흔히 부르던 고용증대세액공제(조특법 제29조)가 2025년부터 통합된 이름입니다. 실무자들 사이에서는 여전히 옛 이름으로 부르는 경우가 많지만 계산 구조는 그대로 이어집니다. 전년도보다 상시근로자 수가 늘어난 경우, 늘어난 인원 1명당 정해진 금액을 법인세 또는 소득세에서 공제해줍니다.

여기서 상시근로자 '수'는 특정 시점의 재직자 수가 아닙니다. 해당 과세연도의 매월 말일 현재 상시근로자 수를 모두 더한 뒤, 그 과세연도의 개월 수로 나눈 연평균 값입니다. 1월부터 계속 근무한 직원과 12월에 입사한 직원은 이 평균 계산에서 서로 다른 무게로 반영되고, 퇴사 역시 몇 월에 발생했는지에 따라 그해 평균에 미치는 영향이 달라집니다. 퇴사자 한 명이 나왔다고 그해 상시근로자 수가 정수로 1명 줄어드는 게 아니라는 뜻입니다.

2026년 기준 중소기업 통합고용세액공제 금액은 근로자 유형과 사업장 소재지에 따라 나뉩니다.

올해 늘린 인원이 연말 전 퇴사하면 — '반환'이 아니라 '공제액이 줄어드는' 문제다

실제 상담에서 자주 보는 사례로 설명하는 게 빠릅니다. 수도권 밖 소재 제조업체(상시근로자 30명 규모)가 올해 상반기에 4명을 새로 채용했습니다(청년 1명, 일반 3명). 2025년 평균 상시근로자 수가 30명이었고, 신규 채용 이후 34명 체제로 운영했다면, 이 상태가 12월까지 유지될 경우 증가인원 4명 전체에 대해 공제를 받을 수 있었습니다. 그런데 그중 일반 채용자 1명이 11월 말 퇴사하고 연내에 후임을 구하지 못했다면 계산이 어떻게 바뀔까요.

2025년 평균 30명이 기준입니다. 2026년은 1~10월 34명, 11~12월은 퇴사 이후 미충원 상태로 33명입니다. 연평균으로 환산하면 (34명×10개월 + 33명×2개월) ÷ 12개월 = 406 ÷ 12 ≈ 33.83명입니다. 증가인원은 33.83 − 30 = 약 3.83명(청년 1명 + 일반 2.83명)으로 잡힙니다. 공제액은 청년 1명분 1,550만원에 일반 2.83명분 950만원(약 2,688만5천원)을 더해 약 4,238만5천원입니다.

결원을 12월 안에 채워 34명 체제를 그대로 유지했다면 증가인원은 4명 그대로 잡혀 공제액은 1,550만원 + 950만원×3 = 4,400만원이 됩니다. 두 시나리오의 차이는 161만5천원입니다. 퇴사 자체가 공제를 전액 무너뜨리는 게 아니라, 결원이 비어 있던 기간(이 경우 2개월)에 비례해 그해 평균 인원이 소폭 낮아지고, 그만큼만 공제액이 줄어드는 구조입니다. 그리고 이 계산은 아직 국세청에 신고하지 않은 2026년분 공제액을 산정하는 과정이므로, '받은 돈을 반환한다'는 표현 자체가 맞지 않습니다. 아직 받지 않은 금액이 계산상 줄어드는 것뿐입니다.

이미 공제받은 인원이 줄면 사후관리 대상 — 이건 실제 반환이다

지난해(또는 그전) 늘어난 인원을 기준으로 이미 법인세 신고서에 공제를 반영해 받은 경우라면 얘기가 달라집니다. 통합고용세액공제는 공제를 받은 과세연도 종료일 이후 2년간 상시근로자 수를 유지해야 하는 사후관리 의무를 둡니다. 이 기간 안에 상시근로자 수가 공제받은 연도의 수준보다 줄어들면, 감소한 인원에 해당하는 공제액을 계산해 그 감소가 발생한 과세연도의 법인세(또는 소득세) 신고 때 추가로 납부해야 합니다.

다른 사례로 보겠습니다. 수도권 소재 도소매업체가 2024년 대비 2025년에 상시근로자 2명을 늘려(모두 일반 유형, 수도권 850만원) 1,700만원을 공제받아 2026년 3월 법인세 신고서에 반영했습니다. 사후관리 기간은 2025 사업연도 종료일(2025.12.31)부터 2년, 즉 2027.12.31까지입니다. 그런데 2026년 한 해 동안 상시근로자 평균이 1명 줄었다면(경기 악화로 인한 인원 조정 등), 감소한 1명에 해당하는 850만원 상당의 공제세액을 2026년 법인세 신고 때 추가로 납부해야 합니다. 여기에 이자상당액이 가산될 수 있다는 점도 실무에서 자주 놓치는 부분입니다.

결원이 생겼을 때 무엇부터 확인해야 하나

결원이 발생했을 때 판단은 네 갈래로 나뉩니다.

첫째, 퇴사한 인원이 '올해 늘어난 몫'인지 '이미 공제받아 유지 중인 몫'인지 구분합니다. 채용 순서상 나중에 입사한 사람이 먼저 나갔다고 해서 반드시 '올해 몫'이 빠지는 것은 아니며, 세법은 특정 개인을 지정하지 않고 전체 평균으로 판단합니다.

둘째, 결원을 연내에 채울 수 있는지 확인합니다. 12월 안에 충원하면 그 달의 평균치 손실만 발생해 영향이 작아집니다.

셋째, 대체 채용자가 청년 등 우대 유형에 해당하는지 살펴봅니다. 우대 유형으로 채우면 오히려 공제 단가가 올라갈 수 있습니다.

넷째, 이미 사후관리 기간에 들어간 과거 채용분이 있다면, 그해의 평균 인원을 별도로 추적해 감소 여부를 연중에 미리 점검해야 신고 시점에 놀라지 않습니다.

상담 현장에서 자주 나오는 오해는 정반대의 두 가지입니다. "퇴사자가 생기면 무조건 공제를 다 뱉어낸다"는 오해와, "결원만 채우면 아무 문제 없다"는 오해입니다. 둘 다 절반만 맞습니다. 평균으로 계산하는 구조라 전액 반환도, 완전한 무풍지대도 아닙니다. 또 하나 자주 놓치는 함정은 대체 채용자를 4대보험 가입 없이 프리랜서나 단기 알바로 채우는 경우입니다. 세법상 상시근로자로 인정되지 않으면 결원 충원 효과가 없어 평균 인원이 그대로 낮게 유지됩니다.

퇴사자 한 명이 공제 전액을 무너뜨리는 것도 아니고, 결원만 채운다고 안심할 일도 아닙니다.

상시근로자 수 재계산과 사후관리 여부 판단은 매월 인원 변동을 추적해야 정확해지는 작업이라, 안택스 같은 세무회계사무소가 월 단위로 점검하는 이유이기도 합니다.