부동산 비중 높은 비상장법인 주식, 2026년 개정 보충적평가법이 바꾼 부당행위계산부인 기준

부동산 임대업을 겸하거나 사옥·상가를 법인 명의로 보유한 비상장법인 대표이사라면, 가족이나 관계법인에 주식을 넘기거나 넘겨받을 때 "시가를 어떻게 잡아야 문제가 없는지"를 늘 확인하게 됩니다. 결론부터 말하면, 2026년 2월 27일 개정된 상속세 및 증여세법 시행령(대통령령 제36131호) 이후로는 부동산 등의 비중이 자산총액의 80% 이상인 법인의 비상장주식을 예전처럼 순자산가치만으로 계산해서는 안 됩니다.

이제는 순자산가치와 가중평균액을 함께 계산해 더 큰 금액을 시가로 써야 하고, 이 시가가 오르면 그동안 문제없다고 여겼던 특수관계자 간 거래가 저가양도로 재평가될 수 있습니다. 이 글은 그 계산이 구체적으로 어떻게 달라지는지, 그리고 부당행위계산부인 기준선이 어느 지점에서 움직이는지를 실제 숫자로 짚습니다.

부동산 비중에 따라 평가법이 세 갈래로 갈리는 이유

비상장주식의 보충적평가는 회사가 가진 자산 중 부동산 등이 차지하는 비중에 따라 적용되는 산식 자체가 달라집니다. 원칙은 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균하는 것이지만, 소득세법 제94조제1항제4호다목이 정하는 부동산과다보유법인, 즉 자산총액 중 부동산 등의 가액이 50% 이상인 법인은 이 비율을 반대로 뒤집어 순손익가치와 순자산가치를 2와 3으로 가중평균합니다. 부동산을 많이 가진 법인일수록 수익가치보다 자산가치 비중을 더 크게 반영하겠다는 취지입니다.

문제는 그 비중이 80% 이상으로 더 커지는 구간입니다. 종전에는 이 구간의 법인을 아예 가중평균 계산에서 제외하고 순자산가치 100%만 적용해왔습니다. 수익성이 아무리 좋아도 회사가 가진 자산의 장부·시가 평가액만으로 주식가치를 매긴 것입니다. 2026년 2월 개정은 바로 이 지점, 즉 80% 이상 구간의 "순자산가치 전용 평가"에 손을 댔습니다.

2026년 2월 27일 개정으로 실제 무엇이 달라졌나

이번 개정의 핵심은 80% 이상 구간의 "순자산가치 전용 평가"를 깨고 가중평균액과 비교하도록 만든 데 있습니다. 개정 전에는 부동산이든 주식이든 자산총액의 80% 이상을 차지하는 법인은 수익성과 무관하게 순자산가치 100%로 고정됐습니다. 개정 후에는 순자산가치 100%와, 부동산과다보유법인에 적용하는 2:3 가중평균액을 함께 계산해 둘 중 큰 금액을 비상장주식의 가액으로 삼습니다. 회사가 임대수익이나 운용수익으로 꾸준히 이익을 내고 있다면, 그 수익가치가 반영된 가중평균액이 순자산가치보다 커질 수 있고, 이 경우 평가액은 개정 전보다 올라갑니다.

같은 개정 흐름 안에서 자기주식 처리 방식도 함께 정비된 것으로 확인됩니다. 종전에는 순자산가액과 발행주식총수를 계산할 때 법인이 보유한 자기주식을 그대로 포함시켰지만, 개정 후에는 이를 제외하고 계산합니다. 분모가 되는 발행주식총수가 줄어드는 만큼 1주당 평가액은 그 자체로도 올라갈 수 있어, 순자산가치와 가중평균액 두 값 모두를 밀어 올리는 방향으로 작용합니다.

시가가 오르면 부당행위계산부인 기준선도 함께 움직인다

법인세법상 부당행위계산부인은 "시가"와 거래가액의 차이를 따지는 규정이기 때문에, 시가 산정방법이 바뀌면 부인 여부의 결과도 통째로 바뀔 수 있습니다. 법인세법 제52조와 같은 법 시행령 제88조는 특수관계자 간 자산의 저가양도·고가양수 등을 부당행위로 규정하고, 시가와 대가의 차액이 시가의 5%에 상당하는 금액 이상이거나 3억원 이상인 경우에 이를 적용합니다. 매매사례가액 등 객관적인 시가가 없는 비상장주식은 시행령 제89조에 따라 상속세 및 증여세법 제63조를 준용해 평가한 보충적평가액을 시가로 삼습니다. 결국 상증세법 시행령 제54조가 바뀌면, 법인세법상 부당행위계산부인의 판단 기준 자체가 그대로 따라 움직이는 구조입니다.

대표이사 개인이 특수관계자에게 주식을 넘기는 경우에는 소득세법 제101조의 부당행위계산부인이 별도로 걸리고, 가족처럼 특수관계에 있는 개인 간 거래라면 상속세 및 증여세법 제35조의 저가양수·고가양도에 따른 이익의 증여 규정도 함께 검토 대상이 됩니다. 이 규정은 시가와 대가의 차액이 시가의 30% 이상이거나 3억원 이상인 경우 그 초과분을 증여로 봅니다. 기준선의 숫자는 다르지만, 두 규정 모두 출발점은 같은 보충적평가액입니다.

실제 상담에서 자주 보는 사례는, 임대업을 겸업하는 자산 규모 100억원대 비상장법인의 대표이사가 몇 년 전 순자산가치 기준으로 산정해둔 가격을 그대로 쓰다가, 개정 이후 다시 계산해보니 시가가 크게 올라 있는 경우입니다. 숫자로 확인해보면 그 폭이 작지 않습니다.

위 예시는 실제 상담에서 흔히 나오는 구조를 단순화한 계산입니다. 순자산가치와 순손익가치는 회사마다 다르지만, 계산 순서와 비교 방식은 동일하게 적용됩니다. 개정 전 시가로 잡아둔 33.3억원이 개정 후 시가 46.8억원과 비교되는 순간, 차액 13.5억원은 시가 대비 28.8%로 5%·3억원 기준을 모두 넘어섭니다. 개정 전에는 문제되지 않던 가격이, 같은 거래·같은 대가임에도 새 기준에서는 부당행위계산부인 대상이 되는 것입니다.

지금 판단 기준으로 삼아야 할 것

모든 부동산과다보유법인이 똑같이 영향을 받는 것은 아니고, 갈리는 지점은 이익 규모입니다. 가중평균액이 순자산가치보다 낮게 나오는 법인, 즉 부동산은 많지만 임대수익이나 영업이익이 크지 않은 법인은 여전히 순자산가치가 채택되어 실질적인 변화가 없습니다. 반대로 임대수익이 꾸준하고 순손익가치가 순자산가치에 근접하거나 이를 넘어서는 법인은 시가가 눈에 띄게 오릅니다. 핵심은 "부동산이 많은가"가 아니라 "그 부동산에서 나오는 이익이 순자산가치를 넘어설 만큼 큰가"입니다.

실무적으로는 다음 순서로 점검하는 것이 효율적입니다. 첫째, 거래 또는 평가의 기준일이 2026년 2월 27일 이후인지 먼저 확인합니다. 둘째, 최신 재무제표를 기준으로 부동산 등 비중을 다시 계산해 80% 문턱을 넘는지 봅니다. 셋째, 최근 3년 손익의 가중평균으로 가중평균액을 직접 계산해 순자산가치와 비교합니다. 넷째, 이미 진행했거나 앞으로 예정된 특수관계자 거래는 새 시가 기준으로 차액을 다시 확인합니다.

부동산이 많은 법인일수록, 이제는 순자산가치만 보고 안심할 수 없습니다.

시가는 법이 정한 계산식일 뿐 감(感)으로 판단할 문제가 아니며, 개정 전 기준으로 잡아둔 거래가액은 재검토 대상입니다. 이런 계산은 대표이사 혼자 판단하기보다 안택스처럼 부동산과다보유법인 사례를 다뤄본 세무 전문가와 함께 다시 확인해보는 것이 안전합니다.